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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  33 lines
  1. *********************************************
  2. * Sodium:alanine symporter family signature *
  3. *********************************************
  4.  
  5. It has  been shown [1] that integral membrane proteins that mediate the intake
  6. of a  wide  variety  of  molecules  with the concomitant uptake of sodium ions
  7. (sodium symporters)  can  be  grouped, on the basis of sequence and functional
  8. similarities into  a  number  of  distinct  families. One of these families is
  9. known as the  sodium:alanine  symporter family (SAF) and currently consists of
  10. the following proteins:
  11.  
  12.  - Thermophilic bacterium PS-3 alanine carrier protein (ACP). ACP can use both
  13.    sodium and hydrogen as a symport ion.
  14.  - Alteromonas haloplanktis D-alanine/glycine permease (gene dagA).
  15.  - Escherichia coli hypothetical protein yaaJ.
  16.  
  17. These integral  membrane  proteins  are  predicted  to  comprise a least eight
  18. membrane spanning  domains.    As  a  signature  pattern we selected a  highly
  19. conserved region which is located in the N-terminal section and which includes
  20. part of the first transmembrane region.
  21.  
  22. -Consensus pattern: G-G-P-[GA](2)-[LIVM]-F-W-M-W
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  27.                                 jreizer@ucsd.edu
  28.  
  29. -Last update: October 1993 / First entry.
  30.  
  31. [ 1] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  32.      Submitted(1994).
  33.